Im Jahre 1425 drangen die Hussiten zum erstenmal in Niederösterreich ein, wo sie furchtbar hausten. Im März 1426, nachdem Nikolsburg und Feldsberg verbrannt und die Grenzfestung Lundenburg erobert wurde, stießen sie unter Brandschatzung und Verwüstung bis Stockerau vor. Daß sie damals unsern Heimatort nicht erreichten, ergibt sich aus der Tatsache, daß Herzog Albert V. eine eiligst zusammengerufene Söldnerschar nach Enzersdorf unter dem Bisamberg dirigierte. Obwohl keine Kampfhandlungen stattfanden ist die Unruhe und Bedrängnis der Enzersdorfer durch die Söldnertruppe leicht vorstellbar.
Im Jahre 1428 kamen die Hussiten wieder nach Niederösterreich und zogen unter furchtbaren Verwüstungen in Richtung Wien. Unser Heimatort wurde in Brand gesteckt und gänzlich eingeäschert, die Einwohner ermordet und vertrieben. Von hier wandten sich die Hussiten nach Jedlesee, bauten dort ihre Wagenburg auf und beschossen das gegenüberliegende Nußdorf. Nachdem sie die Gegend um den Bisamberg auf das schrecklichste verheert und alle Mühlen an der Donau abgebrochen hatten, zogen sie stromaufwärts, an Korneuburg mit seinen festen Maueren vorüber, nach Stockerau, wo sie gräßlich hausten. Endlich traten die Scharen den Rückzug nach Böhmen an. 1429 - 1445 zahlte Enzersdorf Vogteigeld (Vogten=beschirmen) für den Ausbau der Festung Korneuburg; diese Arbeiten fanden im Jahre 1447 mit der Errichtung eines fünf Stockwerke hohen Wachturmes ihren Abschluß.
1431 wurde ein Martinus Churz aus Enczesdorf sub Puesen in der Martrikel als Hörer der Wiener Universität genannt; diese wurde 1365 von Rudolf dem Stifter gegründet, der berühmte Tomas Ebendorfer aus Haselbach am Michlberg, ein bedeutender Theologe und Geschichtsschreiber, wirkte dort seit 1412 als Lehrer und 1423/24 als Rektor
Mit dem Tod von Herzog Albert V. (1439) begann unter seinem Nachfolger Friedrich neuerlich eine Zeit der Unruhen und Wirren, die etwa ein halbes Jahrhundert andauerte. Zu den Kriegsleiden gesellten sich Schicksalsschläge aller Art: 1456 und 1457 war im ganzen Viertel der Wein völlig mißraten, 1458 wurden die Weingärten am Bisamberg und um Wein durch den Reif schwer geschädigt; überdies herrschte das Jahr über eine arge Dürre; 1459 regnete es den ganzen Mai unaufhörlich, verbunden mit einer Kälte, wie sie schon seit Menschengedenken nicht mehr beobachtet worden war. Darauf folgte eine ebenso große Trockenheit verbunden mit Mißernten.
Besonders das Land nördlich der Donau wurde von den vorhin genannten Unruhen und Wirren sehr getroffen, es litt andauernd unter Verwüstungen durch böhmische, mährische, ungarische und einheimische Banden. So erschien z.B. 1461 König Podiebrad von Böhmen mit seinem Heer in Korneuburg; unter seinen ungezügelten Truppen hatten Enzersdorf und andere Orte in der Umgebung sehr zu leiden. Ähnlich erging es 1462, als der Freibeuter Ankelreiter Korneuburg besetzt hielt und beim Tuttendörfel eine Schanze aufführte, um zu Angriffen auf Klosterneuburg den Strom zu übersetzen.
Dazu kam ab dem Jahre 1468 die Gefahr, daß der Ungarnkönig Matthias Corvinus seine Macht auf Niederösterreich ausdehnen könnte, was 1477 auch geschah. Im Verlaufe der Kämpfe dieses Jahres belagerte und besetzte Corvinus Korneuburg, wo er dann auch Hof hielt. Während dieser Kämpfe brannte die Kirche von Enzersdorf ab und Korneuburger Urkunden berichten 1485 von der Wiederherstellung unserer Kirche und 1487 von einer Spende anläßlich der Wiedereinweihung derselben. Die Ungarn blieben aber noch lange in unserer Gegend; sie verließen ihr großes Lager in der Nähe des Tuttenhofes in welchen sich 6 000 bis 7 000 Mann befunden haben sollen, erst anläßlich der Beendigung der ungarischen Herrschaft in Niederösterreich: Als nämlich Corvinus 1490 in Wien unerwartet starb, brach sein weiträumiges Reich zusammen und Maximilian („Der letzte Ritter“), der Sohn Kaiser Friedrichs III., konnte in kurzer Zeit Niederösterreich von der Fremdherrschaft befreien. Bald darauf, mit dem Tode Friedrichs III. im Jahre 1493 und der Regierungsübernahme durch Maximilian I. (aber auch durch die Entdeckung Amerikas 1492, wodurch besonders der Handel einen ungeahnten Aufschwung nahm), begann ein neues Zeitalter.
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