Mit der Erhebung von Franz I. zum ersten Kaiser von Österreich erfolgte aber auch eine Erneuerung und Stärkung der politischen und militärischen Kräfte dieser Donaumonarchie, während die Bevölkerung im Namen der Freiheit und der Vaterlandsliebe zum Kampf gegen die Tyrannei Napoleons aufgerufen wurde. Der Erfolg all dieser Maßnahmen schien so durchschlagend zu sein, daß der Wiener Hof im Februar 1809 den Krieg zur Rückeroberung der verlorenen Gebiete erklärte. Napoleon traf mit seiner Armee wieder überraschend schnell am süddeutschen Kriegsschauplatz ein, schlug in mehreren Gefechten die Österreicher und trat über Oberösterreich und das Donautal neuerlich den Marsch auf Wien an. Am 13. Mai 1809 wurde Wien nach kurzer Beschießung ein zweites Mal von den Franzosen besetzt. Allerdings erlitt bald darauf Napoleon in der Schlacht von Aspern und Eßling (21. und 22. Mai 1809) durch die Österreicher unter dem Oberbefehlshaber Erzherzog Karl seine erste Niederlage in der Geschichte. Leider konnte dieser Sieg nicht genützt werden, sondern in der bald darauf folgenden Schlacht bei Deutsch Wagram (5. und 6. Juli 1809) wurden die zahlenmäßig wesentlich schwächeren Österreicher von Napoleon vernichtend geschlagen. Im Frieden von Schönbrunn (14. Oktober 1809) mußte Österreich nicht nur Gebiete in der Größe von 100.000 qkm abtreten, sondern unter anderem auch die unter Andreas Hofer heldenhaft kämpfenden Tiroler im Stich lassen.
Aber auch für Langenzersdorf brachte dieses Jahr 1809 schwere und unruhige Zeiten: In der Nacht zum 13. Mai ließ Napoleon von Nußdorf aus über die Schwarz - Lackenau Truppen an unser Donauufer bringen, um die Straßen nach Brünn und Prag kontrollieren zu können. Der stiftliche Auübergeher Kniebeis aus Lang - Enzersdorf beobachtete dies und veranlaßte das Eingreifen einer in Stammersdorf lagernden kaiserlichen Einheit, welche die Franzosen zurückschlugen. Zur Vorbereitung der Schlacht von Aspern und Eßling verlegte Erzherzog Karl um den 15. Mai seine Truppen aus dem Raum Stockerau - Korneuburg an den Fuß des Bisamberges zwischen Strebersdorf und Gerasdorf, der rechte Flügel verschanzte sich in der Schwarz - Lackenau.
Von einer Warte am Bisamberg nächst dem Magdalenenhof konnte Erzherzog Karl alle Bewegungen der Franzosen, welche in der Lobau bei Albern den Übergang über die Donau durchführten und Aspern und Eßling besetzt hatten, genau verfolgen.
Am 21. Mai verließen die kaiserlichen Truppen in fünf Kolonnen ihre Bereitstellungsräume und die Schlacht begann, die am nächsten Tag trotz schwerer Verluste der Österreicher den ersten Sieg über Napoleon brachte. Von der Höhe des Bisambergs hatte Kaiser Franz I. den Gang der Schlacht verfolgt und erschien am 23. Mai in der Mitte seiner siegreichen Truppen.
Anschließend hatte Erzherzog Karl seine Soldaten wieder gegen den Bisamberg zurückgezogen, fest davon überzeugt, daß es im Marchfeld zur endgültigen Entscheidung kommen müsse. Er errichtete von der Donau über Stammersdorf bis östlich der Brünner Straße eine Defensivlinie.
In den Kämpfen am 5. und 6. Juli - als Schlacht von Deutsch Wagram bezeichnet - gelang den Österreichern am rechten Flügel bei Leopoldau zwar ein Erfolg, jedoch wurde der linke Flügel derart von Napoleon bedrängt, daß Erzherzog Karl den Rückzugbefehl für das ganze Heer gab. Die Nachhuten hielten die Gegend von Stammersdorf und die Höhe von Hagenbrunn, während sich die Hauptmasse durch die Enge bei Langenzersdorf auf der Reichsstraße über Korneuburg gegen die Kreuzensteinhöhe zurückzog. Die verfolgenden Franzosen kamen gegen Mittag des 7. Juli 1809 vor Korneuburg und begannen mit der Beschießung der Stadt, die sich bald darauf ergab.
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